Ennen instituutin ensimmäisiä omia kenttäprojekteja suomalaiset tutkijat hankkivat kokemusta kreikkalaisista tai pohjoismaisista projekteista. Agios Eliaksen pyhäkön kaivaukset Arkadian Aseassa vuonna 1997 toimivat esimerkkinä pohjoismaisesta yhteistyöprojektista. Projekti toi yhteen tutkijoita Suomesta, Norjasta ja Ruotsista.
Instituutin ensimmäiset omat kaivaukset Arja Karivierin johdolla keskittyivät Arethousan varhaiskristillisen basilikan tutkimuksiin Makedoniassa vuodesta 1999 vuoteen 2004. Samoihin aikoihin Jari Pakkasen johdolla suoritettiin Zeuksen temppelin mittausprojekti Stratoksessa Länsi-Kreikassa. Erkki Sirosen projekti vuosina 2003–2010 keskittyi roomalaisaikaisiin kiveenhakattuihin epigrammeihin. Jari Pakkanen järjesti lisäksi vuosina 2007–2017 Kyllenen sataman tutkimusprojektin ja vuosina 2012–2017 toisen projektin, joka tutki Naksoksen kreikkalaiskolonian asemakaavaa Sisiliassa.
Instituutin seuraavat merkittävät projektit olivat Thesprotia Expedition, Arakhamitain projekti Arkadiassa sekä projekti Salamiin saarella – kaksi ensimmäistä Björn Forsénin johdolla ja kolmas Jari Pakkasen vetämänä vuosina 2016–2020. Kenttätöitä Thesprotiassa suoritettiin vuosina 2004–2010, 2015 ja 2020, jonka jälkeen siirryttiin jälkityövaiheeseen. Lähelle sijoittui myös Photiken roomalaisaikaiseen koloniaan keskittynyt kenttätyöprojekti vuosina 2019–2023. Artemis Lykoatiksen pyhäköllä Arakhamitaissa suoritettiin kenttätöitä vuosina 2006–2008 ja 2010–2019, mutta löytömateriaalin tutkimukset jatkuvat vielä useita vuosia. Vuonna 2019 aloitettiin projekti maaseutualueella Rethymnonin lounaispuolella Kreetalla. Vuodesta 2022 instituutti on suorittanut kenttätutkimuksia muinaisessa Melitaiassa nykyisen Domokoksen kunnan alueella.